geno logo
     HELP     Sign In

Quick Links

TOOLS
Search

Relevance to Autism

Decreased social interaction in GRIN1-knockout mice was observed in two separate studies (Gandal et al., 2012; Saunders et al., 2013).

Molecular Function

The protein encoded by this gene is a critical subunit of N-methyl-D-aspartate receptors, members of the glutamate receptor channel superfamily which are heteromeric protein complexes with multiple subunits arranged to form a ligand-gated ion channel. These subunits play a key role in the plasticity of synapses, which is believed to underlie memory and learning.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
GABAB-mediated rescue of altered excitatory-inhibitory balance, gamma synchrony and behavioral deficits following constitutive NMDAR-hypofunction.
Support
Novel homozygous missense variant of GRIN1 in two sibs with intellectual disability and autistic features without epilepsy.
ID, autistic features
Stereotypic movements of the midline, hypotonia, a
Support
Developmental loss of NMDA receptors results in supernumerary forebrain neurons through delayed maturation of transit-amplifying neuroblasts
Support
The combination of whole-exome sequencing and copy number variation sequencing enables the diagnosis of rare neurological disorders.
Epilepsy/seizures
DD, ID, autistic behavior
Support
Diagnostic yield of clinical exome sequencing in 868 children with neurodevelopmental disorders
DD
Autistic behavior, stereotypy
Support
2022 Jul
Support
Meta-analysis of 2,104 trios provides support for 10 new genes for intellectual disability
ID
Support
Exome sequencing improves the molecular diagnostics of paediatric unexplained neurodevelopmental disorders
DD, ID
Support
De novo mutations in GRIN1 cause extensive bilateral polymicrogyria.
DD, epilepsy/seizures, polymicrogyria
Autistic features
Support
Exploring gene-phenotype relationships in GRIN-related neurodevelopmental disorders
DD
ASD, iD, epilepsy/seizures
Support
Overlapping cortical malformations in patients with pathogenic variants in GRIN1 and GRIN2B
DD, epilepsy/seizures
Support
Mutations in HECW2 are associated with intellectual disability and epilepsy.
ID, epilepsy/seizures
Support
Decoding complex inherited phenotypes in rare disorders: the DECIPHERD initiative for rare undiagnosed diseases in Chile
ID, epilepsy/seizures
Support
Rare loss of function mutations in N-methyl-D-aspartate glutamate receptors and their contributions to schizophrenia susceptibility.
SCZ
Support
The application of whole-exome sequencing in the early diagnosis of rare genetic diseases in children: a study from Southeastern China
Epilepsy/seizures
Support
Paradigmatic De Novo GRIN1 Variants Recapitulate Pathophysiological Mechanisms Underlying GRIN1-Related Disorder Clinical Spectrum
ID, epilepsy/seizures
Autistic features, stereotypy
Support
Efficient strategy for the molecular diagnosis of intellectual disability using targeted high-throughput sequencing.
ID
Support
Epilepsy/seizures
Support
De novo GRIN1 mutations: An emerging cause of severe early infantile encephalopathy.
DD
Early onset encephalopathy, hypotonia
Support
Whole genome sequencing analysis identifies sex differences of familial pattern contributing to phenotypic diversity in autism
ASD
Support
Control of Long-Term Synaptic Potentiation and Learning by Alternative Splicing of the NMDA Receptor Subunit GluN1.
ASD
Support
De novo mutations in epileptic encephalopathies.
Epilepsy
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
GRIN1 mutation associated with intellectual disability alters NMDA receptor trafficking and function.
DD, ID
Hypotonia, stereotypic behavior
Support
Next-generation phenotyping integrated in a national framework for patients with ultrarare disorders improves genetic diagnostics and yields new molecular findings
ID
Cognitive impairment
Support
De novo GRIN variants in NMDA receptor M2 channel pore-forming loop are associated with neurological diseases.
Support
Genetic Traces in Autism Spectrum Disorders: A Whole Exome Sequencing Study from Türkiye
ASD
DD, epilepsy/seizures
Support
Complex Diagnostics of Non-Specific Intellectual Developmental Disorder
DD, ID
Support
Molecular Mechanism of Disease-Associated Mutations in the Pre-M1 Helix of NMDA Receptors and Potential Rescue Pharmacology.
Support
De novo GRIN variants in M3 helix associated with neurological disorders control channel gating of NMDA receptor
DD, ID, epilepsy/seizures
ASD
Support
Abnormal circadian rhythm in patients with GRIN1-related developmental epileptic encephalopathy.
Autosomal dominant neurodevelopmental disorder wit
Stereotypies
Support
Multilayered genetic dissection of autism: insights from whole-exome sequencing, molecular karyotyping, and cytogenetic analyses in a small Turkish cohort
ASD
Support
Comprehensive genome sequencing analyses identify novel gene mutations and copy number variations associated with infant developmental delay or intellectual disability (DD/ID)
DD, ID
Recent Recommendation
Delineating the GRIN1 phenotypic spectrum: A distinct genetic NMDA receptor encephalopathy.
DD, ID, epilepsy/seizures
ASD
Recent Recommendation
Repetitive behavior profile and supersensitivity to amphetamine in the C58/J mouse model of autism.
Recent Recommendation
Knockout of NMDA receptors in parvalbumin interneurons recreates autism-like phenotypes.

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN626R001 
 missense_variant 
 c.1733C>G 
 p.Pro578Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R002a 
 missense_variant 
 c.649C>T 
 p.Gln217Ter 
 Familial 
 Both parents 
 Multiplex 
 GEN626R003 
 missense_variant 
 c.1654A>C 
 p.Lys552Gln 
 De novo 
  
  
 GEN626R004 
 missense_variant 
 c.1656C>A 
 p.Asp552Glu 
 De novo 
  
  
 GEN626R005 
 missense_variant 
 c.1656C>A 
 p.Asp552Glu 
 De novo 
  
  
 GEN626R006a 
 stop_gained 
 c.1666C>T 
 p.Gln556Ter 
 Familial 
 Both parents 
 Multiplex 
 GEN626R007 
 missense_variant 
 c.1670C>G 
 p.Pro557Arg 
 De novo 
  
  
 GEN626R008 
 inframe_insertion 
 c.1616_1618dup 
 p.Thr539dup 
 De novo 
  
  
 GEN626R009 
 missense_variant 
 c.1852G>C 
 p.Glu618Gln 
 De novo 
  
  
 GEN626R010 
 missense_variant 
 c.1795G>C 
 p.Asp599His 
 De novo 
  
  
 GEN626R011 
 missense_variant 
 c.1923G>A 
 p.Met641Ile 
 De novo 
  
  
 GEN626R012 
 missense_variant 
 c.1933G>T 
 p.Ala645Ser 
 De novo 
  
  
 GEN626R013 
 missense_variant 
 c.1940A>C 
 p.Tyr647Ser 
 De novo 
  
  
 GEN626R014 
 missense_variant 
 c.1950C>G 
 p.Asn650Lys 
 De novo 
  
  
 GEN626R015 
 missense_variant 
 c.1984G>A 
 p.Glu662Lys 
 De novo 
  
  
 GEN626R016 
 missense_variant 
 c.2443G>A 
 p.Gly815Arg 
 De novo 
  
  
 GEN626R017 
 missense_variant 
 c.2443G>A 
 p.Gly815Arg 
 De novo 
  
  
 GEN626R018 
 missense_variant 
 c.2443G>A 
 p.Gly815Arg 
 De novo 
  
  
 GEN626R019 
 missense_variant 
 c.2444G>T 
 p.Arg815Leu 
 De novo 
  
  
 GEN626R020 
 missense_variant 
 c.2449T>C 
 p.Phe817Leu 
 De novo 
  
  
 GEN626R021 
 missense_variant 
 c.2449T>C 
 p.Phe817Leu 
 De novo 
  
  
 GEN626R022 
 missense_variant 
 c.2416G>A 
 p.Ala806Thr 
 De novo 
  
  
 GEN626R023 
 missense_variant 
 c.2479G>A 
 p.Ala827Thr 
 Unknown 
  
  
 GEN626R024 
 missense_variant 
 c.2416G>A 
 p.Ala806Thr 
 De novo 
  
  
 GEN626R025 
 missense_variant 
 c.2530C>T 
 p.Arg844Cys 
 De novo 
  
  
 GEN626R026 
 missense_variant 
 c.2530C>T 
 p.Arg844Cys 
 De novo 
  
  
 GEN626R027 
 missense_variant 
 c.1191A>C 
 p.Arg397Ser 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R028 
 missense_variant 
 c.2272G>A 
 p.Glu758Lys 
 De novo 
  
  
 GEN626R029a 
 missense_variant 
 c.679G>C 
 p.Ala227Pro 
 Familial 
 Both parents 
 Multiplex 
 GEN626R030 
 missense_variant 
 c.1858G>A 
 p.Asp620Asn 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R031 
 missense_variant 
 c.1858G>C 
 p.Asp620His 
 De novo 
  
  
 GEN626R032 
 missense_variant 
 c.2063C>A 
 p.Ser688Tyr 
 De novo 
  
  
 GEN626R033 
 missense_variant 
 c.2479G>A 
 p.Ala827Thr 
 De novo 
  
  
 GEN626R034 
 missense_variant 
 c.1045G>A 
 p.Ala349Thr 
 Unknown 
  
  
 GEN626R035 
 missense_variant 
 c.2021A>T 
 p.Asn674Ile 
 De novo 
  
  
 GEN626R036 
 missense_variant 
 c.2381G>A 
 p.Arg794Gln 
 De novo 
  
  
 GEN626R037 
 missense_variant 
 c.1975C>T 
 p.Arg659Trp 
 De novo 
  
  
 GEN626R038 
 missense_variant 
 c.1940A>G 
 p.Tyr647Cys 
 De novo 
  
  
 GEN626R039 
 missense_variant 
 c.2365G>A 
 p.Asp789Asn 
 De novo 
  
  
 GEN626R040 
 missense_variant 
 c.1652T>C 
 p.Leu551Pro 
 De novo 
  
  
 GEN626R041 
 missense_variant 
 c.1958C>G 
 p.Ala653Gly 
 De novo 
  
  
 GEN626R042 
 missense_variant 
 c.1949A>T 
 p.Asn650Ile 
 De novo 
  
  
 GEN626R043 
 missense_variant 
 c.1975C>T 
 p.Arg659Trp 
 De novo 
  
  
 GEN626R044 
 missense_variant 
 c.2365G>A 
 p.Asp789Asn 
 De novo 
  
  
 GEN626R045 
 missense_variant 
 c.1658C>T 
 p.Pro553Leu 
 De novo 
  
  
 GEN626R046 
 missense_variant 
 c.2530C>T 
 p.Arg844Cys 
 De novo 
  
  
 GEN626R047 
 missense_variant 
 c.2443G>A 
 p.Gly815Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R048 
 missense_variant 
 c.2443G>T 
 p.Gly815Trp 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R049 
 missense_variant 
  
 p.Arg548Trp 
 De novo 
  
  
 GEN626R050 
 missense_variant 
  
 p.Ser617Cys 
 De novo 
  
  
 GEN626R051 
 inframe_insertion 
  
 p.Ile619_Gly620dup 
 De novo 
  
  
 GEN626R052 
 missense_variant 
 c.1858G>A 
 p.Gly620Arg 
 De novo 
  
  
 GEN626R053 
 missense_variant 
 c.1858G>A 
 p.Gly620Arg 
 De novo 
  
  
 GEN626R054 
 missense_variant 
 c.1921A>G 
 p.Met641Val 
 De novo 
  
  
 GEN626R055 
 missense_variant 
  
 p.Asp732Glu 
 De novo 
  
  
 GEN626R056 
 missense_variant 
  
 p.Asp732Glu 
 De novo 
  
  
 GEN626R057 
 missense_variant 
  
 p.Pro805Ser 
 De novo 
  
  
 GEN626R058 
 missense_variant 
 c.2414C>T 
 p.Pro805Leu 
 De novo 
  
  
 GEN626R059 
 missense_variant 
 c.2441C>A 
 p.Ala814Asp 
 De novo 
  
  
 GEN626R060 
 missense_variant 
  
 p.Met818Val 
 De novo 
  
  
 GEN626R061 
 missense_variant 
 c.2479G>A 
 p.Gly827Arg 
 De novo 
  
  
 GEN626R062 
 missense_variant 
 c.2500G>C 
 p.Glu834Gln 
 De novo 
  
  
 GEN626R063 
 missense_variant 
 c.2500G>C 
 p.Glu834Gln 
 De novo 
  
  
 GEN626R064 
 missense_variant 
 c.1658C>T 
 p.Pro553Leu 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R065 
 missense_variant 
 c.1972G>T 
 p.Ala658Ser 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R066 
 missense_variant 
 c.1957G>A 
 p.Ala653Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R067 
 missense_variant 
 c.2231G>A 
 p.Cys744Tyr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R068a 
 stop_gained 
 c.1422C>A 
 p.Tyr474Ter 
 Familial 
 Both parents 
 Simplex 
 GEN626R069 
 missense_variant 
 c.230C>T 
 p.Ser77Leu 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R070 
 missense_variant 
 c.1918G>C 
 p.Ala640Pro 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R071 
 missense_variant 
 c.421G>A 
 p.Val141Met 
 De novo 
  
  
 GEN626R072 
 missense_variant 
 c.1744C>T 
 p.Arg582Cys 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN626R073 
 missense_variant 
 c.2530C>T 
 p.Arg844Cys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R074 
 intron_variant 
 c.2590-363A>G 
  
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R075 
 missense_variant 
 c.1906T>G 
 p.Trp636Gly 
 De novo 
  
  
 GEN626R076 
 missense_variant 
 c.2531G>C 
 p.Gly844Ala 
 De novo 
  
  
 GEN626R077 
 missense_variant 
 c.670A>G 
 p.Asn224Asp 
 De novo 
  
  
 GEN626R078 
 missense_variant 
 c.1861G>A 
 p.Ala621Thr 
 De novo 
  
  
 GEN626R079 
 missense_variant 
 c.2356G>A 
 p.Glu786Lys 
 Unknown 
  
 Simplex 
 GEN626R080 
 missense_variant 
 c.1852G>C 
 p.Gly618Arg 
 Unknown 
  
  
 GEN626R081 
 missense_variant 
 c.2479G>A 
 p.Gly827Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R082 
 missense_variant 
 c.1909G>T 
 p.Ala637Ser 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN626R083 
 missense_variant 
 c.1910C>T 
 p.Ala637Val 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R084 
 missense_variant 
 c.1910C>T 
 p.Ala637Val 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN626R085 
 missense_variant 
 c.1913G>C 
 p.Gly638Ala 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN626R086 
 missense_variant 
 c.1913G>T 
 p.Gly638Val 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN626R087 
 missense_variant 
 c.1923G>A 
 p.Met641Ile 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN626R088 
 missense_variant 
 c.1923G>A 
 p.Met641Ile 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN626R089 
 missense_variant 
 c.1923G>A 
 p.Met641Ile 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R090 
 missense_variant 
 c.1921A>T 
 p.Met641Leu 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R091 
 missense_variant 
 c.1921A>G 
 p.Met641Val 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN626R092 
 missense_variant 
 c.1924A>C 
 p.Ile642Leu 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN626R093 
 missense_variant 
 c.1925T>C 
 p.Ile642Thr 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN626R094 
 missense_variant 
 c.1927A>G 
 p.Ile643Val 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN626R095 
 missense_variant 
 c.1930G>A 
 p.Val644Met 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN626R096 
 missense_variant 
 c.1940A>C 
 p.Tyr647Ser 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN626R097 
 missense_variant 
 c.1949A>T 
 p.Asn650Ile 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R098 
 missense_variant 
 c.1954G>A 
 p.Ala652Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R099 
 missense_variant 
 c.1961T>G 
 p.Phe654Cys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R100 
 missense_variant 
 c.1964T>A 
 p.Leu655Gln 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R101 
 missense_variant 
 c.1853G>T 
 p.Gly618Val 
 De novo 
  
  
 GEN626R102 
 missense_variant 
 c.1950C>G 
 p.Asn650Lys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R103 
 synonymous_variant 
 c.603A>G 
 p.Gln201= 
 De novo 
  
  
 GEN626R104 
 missense_variant 
 c.1922T>A 
 p.Met641Lys 
 De novo 
  
  
 GEN626R105 
 missense_variant 
 c.2443G>C 
 p.Gly815Arg 
 De novo 
  
  
 GEN626R106 
 missense_variant 
 c.1643G>A 
 p.Arg548Gln 
 De novo 
  
  
 GEN626R107 
 missense_variant 
 c.1924A>T 
 p.Ile642Phe 
 De novo 
  
  
 GEN626R108 
 missense_variant 
 c.2196C>G 
 p.Asp732Glu 
 De novo 
  
  
 GEN626R109 
 missense_variant 
 c.1955C>T 
 p.Ala652Val 
 De novo 
  
  
 GEN626R110 
 inframe_deletion 
 c.1561_1563del 
 p.Asn521del 
 De novo 
  
  
 GEN626R111 
 missense_variant 
 c.1600A>C 
 p.Lys534Gln 
 De novo 
  
  
 GEN626R112 
 missense_variant 
 c.2593C>T 
 p.Arg865Cys 
 De novo 
  
  
 GEN626R113 
 missense_variant 
 c.1320C>A 
 p.Asn440Lys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN626R114 
 missense_variant 
 c.1668G>C 
 p.Gln556His 
 Unknown 
  
  

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
9
Duplication
 1
 
9
Deletion
 1
 
9
Duplication
 1
 
9
Duplication
 2
 
9
Deletion-Duplication
 10
 
9
Deletion-Duplication
 50
 
9
Deletion
 1